En esos casos no, ni cuando uno es de diplomado y el otro de bachi, la matrícula solo se cobra una vez.

Ahora, en caso de que una materia sea semestral y la otra cuatrimestral el sistema te cobrara la segunda vez la diferencia del valor, es decir si la matricula cuatrimestral vale 10000 colones y la semestral 12000 y en el pago de la primera escribes que pagaste 10000 de matrícula cuatrimestral, cuando ingreses a matricular la semestral te cobrara 2000 colones de la diferencia entre cuatrimestral y semestral.